Đối với nhiều doanh nghiệp, rủi ro về thuế chỉ thực sự được nhìn thấy khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra hoặc khi phát sinh các giao dịch có giá trị lớn. Khi đó, những sai sót trong kê khai, nộp thuế, sử dụng hóa đơn hay lưu trữ hồ sơ không còn là những vấn đề mang tính thủ tục mà có thể kéo theo các khoản truy thu, xử phạt, tiền chậm nộp và ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh.

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 đã chuyển trọng tâm quản lý sang dữ liệu, mức độ tuân thủ và phân nhóm rủi ro của người nộp thuế. Sự thay đổi này đòi hỏi doanh nghiệp không chỉ thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế mà còn cần xây dựng cơ chế quản trị phù hợp để nhận diện và kiểm soát rủi ro ngay từ đầu. Nhằm giúp doanh nghiệp nhận diện sớm các rủi ro và chủ động nâng cao hiệu quả tuân thủ, bài viết tập trung phân tích các nội dung sau:

- Những điểm mới quan trọng của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý;

- Các tác động pháp lý và rủi ro thuế có thể phát sinh trong quá trình hoạt động;

- Những khuyến nghị giúp doanh nghiệp chủ động quản trị rủi ro, hoàn thiện hồ sơ và xây dựng cơ chế tuân thủ thuế hiệu quả.

CÁC ĐIỂM ĐẶC BIỆT QUAN TRỌNG ĐỐI VỚI DOANH NGHIỆP

1. Cơ quan thuế chuyển mạnh sang quản lý theo “phân nhóm rủi ro”

Đây là điểm rất quan trọng. Luật quy định cơ quan thuế phân nhóm người nộp thuế theo ngành nghề, lĩnh vực, loại hình pháp lý, cơ cấu sở hữu, quy mô doanh thu, số nộp ngân sách, mức độ tuân thủ và lịch sử tuân thủ thuế.

Tác động doanh nghiệp:

Doanh nghiệp không chỉ bị nhìn theo số liệu khai thuế từng kỳ, mà còn bị đánh giá theo “hồ sơ tuân thủ” dài hạn. Công ty có lịch sử chậm nộp, khai sai, hóa đơn bất thường, giao dịch liên kết phức tạp, doanh thu biến động mạnh… có thể bị xếp vào nhóm rủi ro cao và dễ bị kiểm tra hơn.

Việc cần làm:

Doanh nghiệp nên xây dựng “hồ sơ tuân thủ thuế” nội bộ: lịch sử khai thuế, nộp thuế, giải trình, hoàn thuế, hóa đơn, giao dịch liên kết, hợp đồng lớn, giao dịch bất thường.

2. Nguyên tắc “bản chất quyết định nghĩa vụ thuế” được nhấn mạnh

Luật nêu rõ nguyên tắc xác định nghĩa vụ thuế dựa trên bản chất hoạt động, giao dịch, không chỉ dựa vào hình thức hợp đồng, văn bản. Đồng thời tiếp tục nhấn mạnh nguyên tắc giao dịch độc lập, quản lý rủi ro và quản lý tuân thủ.

Tác động đến doanh nghiệp:

Các hợp đồng “đẹp về hình thức” nhưng không phản ánh đúng bản chất kinh tế có thể bị cơ quan thuế xem xét lại. Ví dụ: phí dịch vụ nội bộ, phí tư vấn, chuyển nhượng, cho vay nội bộ, chi phí marketing, chi phí quản lý, giao dịch với bên liên quan.

Việc cần làm:

Không chỉ lưu hợp đồng và hóa đơn. Phải lưu được bằng chứng thực hiện: biên bản nghiệm thu, email, báo cáo kết quả, bảng tính giá, hồ sơ phê duyệt, dòng tiền, tài liệu chứng minh lợi ích kinh tế.

3. Giao dịch liên kết và chuyển giá sẽ tiếp tục là vùng rủi ro lớn

Ngay trong phần giải thích từ ngữ, Luật định nghĩa rõ “các bên có quan hệ liên kết”, “giao dịch liên kết”, “giao dịch độc lập” và “nguyên tắc giao dịch độc lập”. Đây là nền tảng để cơ quan thuế kiểm soát chuyển giá, đặc biệt với nhóm công ty, công ty gia đình, công ty mẹ - con, công ty có cá nhân cùng điều hành/kiểm soát.

Tác động đến doanh nghiệp:

Doanh nghiệp có giao dịch với công ty liên quan cần đặc biệt cẩn trọng về giá mua bán, phí dịch vụ, lãi vay, nhượng quyền, cho thuê tài sản, chia sẻ nhân sự, chi hộ - thu hộ.

Việc cần làm:

Chuẩn hóa hồ sơ giao dịch liên kết, chính sách giá nội bộ, căn cứ so sánh giá thị trường, chứng từ chứng minh dịch vụ thực tế.

4. Mã số thuế gắn chặt hơn với giao dịch kinh doanh và tài khoản thanh toán

Luật quy định mã số thuế được ghi trên hóa đơn, chứng từ, hồ sơ, tài liệu giao dịch kinh doanh, thủ tục hành chính về thuế và mở tài khoản tại tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, trung gian thanh toán.

Tác động đến doanh nghiệp:

Dữ liệu thuế, hóa đơn, ngân hàng, thanh toán và giao dịch hành chính sẽ ngày càng được kết nối. Sai lệch giữa doanh thu hóa đơn, dòng tiền ngân hàng, báo cáo thuế và dữ liệu bên thứ ba sẽ dễ bị phát hiện hơn.

Việc cần làm:

Đối soát định kỳ giữa: sổ kế toán, hóa đơn điện tử, sao kê ngân hàng, tờ khai thuế, hợp đồng, công nợ.

5. Hóa đơn điện tử trở thành trục dữ liệu trung tâm

Luật quy định hóa đơn điện tử gồm hóa đơn có mã của cơ quan thuế, không có mã của cơ quan thuế, và hóa đơn khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

Tác động đến doanh nghiệp:

Hóa đơn không còn chỉ là chứng từ kế toán, mà là dữ liệu quản lý thuế theo thời gian gần thực tế. Các ngành bán lẻ, F&B, dịch vụ, thương mại điện tử, chuỗi cửa hàng cần đặc biệt chú ý.

Việc cần làm:

Kiểm soát quy trình xuất hóa đơn: thời điểm xuất, nội dung hàng hóa/dịch vụ, mã số thuế người mua, điều chỉnh/thay thế hóa đơn, hóa đơn bị hủy, hóa đơn khuyến mại, chiết khấu.

6. Doanh nghiệp bán hàng qua nền tảng số bị quản lý chặt hơn

Luật mở rộng đối tượng nộp thuế đến cả tổ chức, cá nhân nước ngoài có hoạt động kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam, bao gồm hoạt động trên nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác.

Tác động đến doanh nghiệp:

Doanh nghiệp kinh doanh qua sàn, website, app, mạng xã hội, nền tảng booking, nền tảng thanh toán, nền tảng xuyên biên giới sẽ bị đối chiếu dữ liệu nhiều hơn.

Việc cần làm:

Không nên chỉ quản lý doanh thu theo hóa đơn đã xuất. Cần đối chiếu cả doanh thu trên sàn, doanh thu ví điện tử, doanh thu COD, doanh thu cổng thanh toán, phí nền tảng, phí logistics, hoàn/hủy đơn.

7. Bên thứ ba phải cung cấp thông tin cho cơ quan thuế

Luật quy định tổ chức quản lý nền tảng thương mại điện tử, tổ chức cung cấp dịch vụ tài sản số, logistics, tổ chức thẻ quốc tế, tổ chức nước ngoài cung cấp dịch vụ thanh toán, trung gian thanh toán, xử lý giao dịch điện tử… có trách nhiệm cung cấp thông tin định kỳ hoặc theo yêu cầu cho cơ quan thuế.

Tác động đến doanh nghiệp:

Cơ quan thuế có thể có dữ liệu từ nhiều nguồn ngoài doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp khai thấp hơn dữ liệu từ sàn, đơn vị vận chuyển, ngân hàng, cổng thanh toán, rủi ro giải trình sẽ tăng.

Việc cần làm:

Thiết lập bảng đối chiếu doanh thu đa nguồn. Đặc biệt với doanh nghiệp bán online, cần có báo cáo reconciliations: đơn hàng – giao hàng – thanh toán – hóa đơn – kê khai thuế.

8. Hệ thống thông tin quản lý thuế có thể tự động ban hành thông báo, quyết định

Luật quy định cơ quan thuế sử dụng Hệ thống thông tin quản lý thuế để ban hành văn bản, thông báo, quyết định hành chính thuế tự động trên cơ sở quy trình nghiệp vụ, tiêu chí quản lý và dữ liệu trên hệ thống; văn bản tự động được ký số và có giá trị pháp lý như văn bản giấy. Tác động đến doanh nghiệp:

Doanh nghiệp sẽ phải theo dõi thông báo điện tử thường xuyên. Bỏ sót thông báo thuế điện tử có thể dẫn tới quá hạn giải trình, quá hạn nộp, phát sinh tiền chậm nộp hoặc bị cưỡng chế.

Việc cần làm:

Phân công rõ người phụ trách tài khoản thuế điện tử, email nhận thông báo thuế, chữ ký số, lịch kiểm tra cổng thuế. Không nên để việc này phụ thuộc vào một nhân sự kế toán duy nhất.

9. Nếu hệ thống thuế lỗi kỹ thuật, doanh nghiệp có cơ sở để bảo vệ mình

Luật quy định trường hợp sự cố kỹ thuật của Hệ thống thông tin quản lý thuế khiến người nộp thuế không thể thực hiện nghĩa vụ đúng hạn thì không bị xử phạt vi phạm hành chính, không tính tiền chậm nộp và không tính vào thời gian giải quyết hồ sơ thuế trong thời gian xảy ra sự cố.

Tác động đến doanh nghiệp:

Đây là điểm có lợi, nhưng doanh nghiệp phải có bằng chứng về sự cố.

Việc cần làm:

Khi không nộp được tờ khai/hồ sơ/tiền thuế do lỗi hệ thống, cần chụp màn hình, lưu thông báo lỗi, email hỗ trợ, nhật ký thao tác, biên bản nội bộ.

10. Tiền chậm nộp vẫn là rủi ro tài chính đáng kể

Luật quy định mức tính tiền chậm nộp là 0,03%/ngày trên số tiền thuế/khoản thu chậm nộp do cơ quan thuế hoặc hải quan quản lý thu.

Tác động đến doanh nghiệp:

0,03%/ngày tương đương khoảng 10,95%/năm nếu kéo dài. Với khoản thuế lớn, đây là chi phí rất nặng.

Việc cần làm:

Doanh nghiệp cần có lịch nộp thuế tự động, cảnh báo trước hạn, kiểm soát dòng tiền thuế riêng, không dùng tiền thuế phải nộp như vốn lưu động ngắn hạn.

11. Khi khiếu nại/khởi kiện, doanh nghiệp vẫn thường phải nộp đủ tiền trước

Luật quy định trong thời gian giải quyết khiếu nại, khởi kiện về số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp, người nộp thuế vẫn phải nộp đủ số tiền phải nộp, trừ trường hợp có quyết định tạm đình chỉ của cơ quan có thẩm quyền.

Tác động đến doanh nghiệp:

Khi có tranh chấp thuế, áp lực dòng tiền rất lớn. Không thể mặc nhiên “chờ khiếu nại xong rồi nộp”.

Việc cần làm:

Khi nhận quyết định truy thu/xử phạt, cần đánh giá ngay 3 việc: khả năng nộp tiền, căn cứ khiếu nại, khả năng xin tạm đình chỉ/biện pháp bảo vệ quyền lợi hợp pháp.

12. Hoàn thuế, miễn giảm, không thu thuế sẽ bị kiểm tra theo nguyên tắc rủi ro

Luật cho phép kiểm tra thuế trong các trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, kiểm tra sau hoàn thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro, có dấu hiệu vi phạm, hoặc người nộp thuế có rủi ro cao trong các trường hợp chia, tách, sáp nhập, giải thể, phá sản, chuyển địa điểm, chấm dứt mã số thuế…

Tác động đến doanh nghiệp:

Doanh nghiệp xin hoàn thuế VAT, doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp có biến động pháp lý lớn, doanh nghiệp tái cấu trúc sẽ dễ bị kiểm tra.

Việc cần làm:

Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế như một “hồ sơ kiểm tra thuế trước”: hợp đồng, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hóa đơn đầu vào, bảng kê, chứng từ vận chuyển, biên bản giao nhận.

13. Cưỡng chế thuế có nhiều biện pháp mạnh

Luật quy định các biện pháp cưỡng chế gồm trích tiền từ tài khoản, phong tỏa tài khoản, khấu trừ tiền lương/thu nhập, dừng thủ tục hải quan, ngừng sử dụng hóa đơn và các biện pháp khác theo luật.

Tác động đến doanh nghiệp:

Rủi ro lớn nhất không chỉ là tiền phạt, mà là bị ngừng hóa đơn hoặc dừng thủ tục hải quan. Với công ty thương mại, xuất nhập khẩu, sản xuất, F&B, xây dựng, việc này có thể làm tê liệt hoạt động.

Việc cần làm:

Không để nợ thuế kéo dài. Nếu khó khăn dòng tiền, cần chủ động làm việc với cơ quan thuế về gia hạn, nộp dần, bù trừ hoặc xử lý khoản nộp thừa.

14. Dữ liệu của doanh nghiệp được chia sẻ rộng hơn giữa các cơ quan

Luật cho phép cơ quan thuế cung cấp thông tin người nộp thuế cho cơ quan điều tra, viện kiểm sát, tòa án, thanh tra, kiểm toán nhà nước, cơ quan quản lý khác khi có yêu cầu bằng văn bản; đồng thời các bên nhận thông tin phải sử dụng đúng mục đích và bảo mật.

Tác động đến doanh nghiệp:

Một sai lệch thuế có thể kéo theo rủi ro thanh tra, kiểm toán, tố tụng hoặc xử lý hành chính ở lĩnh vực khác.

Việc cần làm:

Doanh nghiệp cần quản trị dữ liệu nhất quán giữa thuế, kế toán, lao động, bảo hiểm, ngân hàng, hải quan, đầu tư, đất đai, hóa đơn.

15. Các hành vi về hóa đơn, mã số thuế, khai sai, không cung cấp hồ sơ bị liệt kê rõ là hành vi nghiêm cấm

Luật liệt kê các hành vi bị nghiêm cấm như cố tình không kê khai hoặc kê khai không đầy đủ, không chính xác; sử dụng mã số thuế của người khác; bán hàng/cung cấp dịch vụ không lập hóa đơn; sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp; tạo lập hóa đơn điện tử trái phép; làm sai lệch, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin người nộp thuế.

Tác động đến doanh nghiệp:

Rủi ro hóa đơn không chỉ là loại chi phí. Nặng hơn có thể bị xử phạt, bị ấn định thuế, bị chuyển hồ sơ nếu có dấu hiệu gian lận/trốn thuế.

Việc cần làm:

Kiểm soát nhà cung cấp trước khi nhận hóa đơn, kiểm tra hóa đơn bất thường, kiểm soát quyền truy cập phần mềm hóa đơn, phân quyền xuất/hủy/điều chỉnh hóa đơn.

16. Doanh nghiệp siêu nhỏ có thêm lựa chọn dùng dịch vụ kế toán từ đại lý thuế

Luật bổ sung quy định tổ chức kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế được cung cấp dịch vụ kế toán cho doanh nghiệp siêu nhỏ, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh khi có ít nhất một người có chứng chỉ kế toán viên.

Tác động đến doanh nghiệp:

Doanh nghiệp siêu nhỏ có thể thuê dịch vụ kế toán - thuế chuyên nghiệp hơn thay vì tự làm hoặc thuê kế toán không đủ năng lực.

Việc cần làm:

Nếu là doanh nghiệp nhỏ/siêu nhỏ, nên chọn đơn vị dịch vụ có chứng chỉ, hợp đồng rõ trách nhiệm, có cam kết lưu trữ hồ sơ, giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.

Nhìn tổng thể: Luật này quan trọng ở 5 chữ

Dữ liệu - Rủi ro - Tuân thủ - Hóa đơn - Kết nối.

Nói thẳng: doanh nghiệp nào còn làm thuế theo kiểu “cuối kỳ gom chứng từ, thiếu đâu bổ sung đó” sẽ ngày càng rủi ro. Luật mới đẩy quản lý thuế sang mô hình dựa trên dữ liệu, kết nối nhiều nguồn, tự động hóa thông báo/quyết định, và phân loại doanh nghiệp theo lịch sử tuân thủ.

CHECKLIST DOANH NGHIỆP NÊN LÀM NGAY

1.     Rà soát lại quy trình xuất hóa đơn điện tử.

2.     Đối chiếu doanh thu hóa đơn - ngân hàng - sàn TMĐT - phần mềm bán hàng.

3.     Lập hồ sơ giao dịch liên kết nếu có công ty liên quan.

4.     Kiểm tra tình trạng nợ thuế, tiền chậm nộp, khoản nộp thừa.

5.     Phân công người theo dõi tài khoản thuế điện tử hằng tuần.

6.     Chuẩn hóa hồ sơ chi phí: hợp đồng, nghiệm thu, thanh toán, chứng minh thực tế.

7.     Rà soát nhà cung cấp có hóa đơn rủi ro.

8.     Lưu chứng cứ khi có lỗi hệ thống thuế điện tử.

9.     Xây dựng lịch tuân thủ thuế nội bộ theo tháng/quý/năm.

10.  Chuẩn bị sẵn bộ hồ sơ giải trình cho các giao dịch lớn, bất thường, hoặc với bên liên quan.