Ngày nay, việc người lao động làm việc tại nhiều nơi (kết hợp giữa full-time và freelance) đang trở thành xu hướng phổ biến trên thị trường lao động. Tuy nhiên, đi kèm với đó là các rủi ro pháp lý phức tạp cho doanh nghiệp, đặc biệt trong việc xác định bản chất thu nhập và nghĩa vụ thuế của nhân viên. Vì vậy, trên thực tế doanh nghiệp đang “gánh rủi ro” từ một vấn đề tưởng chừng như mang tính cá nhân.

I. Các rủi ro pháp lý của doanh nghiệp trong việc khấu trừ và quyết toán thuế TNCN

Trong quá trình thực hiện khấu trừ và quyết toán thuế cho nhân viên có thu nhập đa nguồn, doanh nghiệp thường đối mặt với các rủi ro sau:

1. Rủi ro trong việc định danh thu nhập: Sai sót trong việc phân loại giữa thu nhập từ tiền lương (tại nơi làm việc chính) và thu nhập vãng lai (bên ngoài).

2. Rủi ro do khấu trừ thiếu: Doanh nghiệp không nắm được tổng thu nhập thực tế của cá nhân trên hệ thống thuế tập trung.

3. Rủi ro do ủy quyền sai: Doanh nghiệp tiếp nhận ủy quyền quyết toán cho những nhân viên không đủ điều kiện theo quy định.

4. Rủi ro sai lệch chứng từ dẫn đến việc quyết toán thuế không hợp lệ: Xảy ra sai lệch thông tin trên chứng từ khấu trừ thuế cung cấp cho nhân viên.

5. Rủi ro liên đới: Bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình hoặc truy thu do sự chênh lệch dữ liệu giữa doanh nghiệp và cá nhân.

II. Các hệ quả pháp lý khi doanh nghiệp sai sót trong khấu trừ và quyết toán thuế

1. Hệ quả về Tài chính (Truy thu và Phạt)

Truy thu thuế TNCN: Nếu doanh nghiệp xác định sai đối tượng hoặc khấu trừ thiếu, cơ quan thuế sẽ yêu cầu doanh nghiệp nộp lại số thuế TNCN còn thiếu đó.

Lưu ý: Thực tế có không ít trường hợp doanh nghiệp phải tạm ứng tiền để nộp thay thuế cho nhân viên; nhưng đến khi thu hồi lại thì gần như rất khó, đặc biệt với người đã nghỉ việc.

Phạt chậm nộp: Tính trên số tiền thuế truy thu với mức lãi suất chậm nộp (thường là 0,03%/ngày). Khoản này nếu cộng dồn qua nhiều năm sẽ là con số không nhỏ.

Phạt hành chính về thủ tục: Áp dụng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp có thể bị phạt vì:

• Khai sai nhưng không dẫn đến thiếu số thuế phải nộp.
• Khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp (phạt 20% trên số thuế thiếu).
• Phạt vì không cấp chứng từ khấu trừ thuế đúng quy định.

2. Hệ quả về Thanh tra chuyên sâu (Rủi ro "đeo bám")

Khi cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp có sai sót trong quyết toán ủy quyền:

- Doanh nghiệp bị đưa vào diện danh sách "rủi ro cao": Một khi đã phát sinh sai sót trong khâu quyết toán thuế TNCN, hồ sơ của doanh nghiệp sẽ bị đánh dấu đỏ trong hệ thống quản lý thuế.

- Cơ quan chức năng buộc mở rộng phạm vi thanh tra: Cơ quan thuế có quyền mở rộng kiểm tra sang các sắc thuế khác (GTGT, TNDN) vì họ nghi ngờ hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp đang có lỗ hổng.

- Doanh nghiệp mất rất nhiều thời gian để giải trình: Doanh nghiệp phải cử nhân sự kế toán/thuế đi lại, giải trình, cung cấp hàng loạt hóa đơn, chứng từ, bảng lương trong nhiều kỳ tính thuế, gây ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh cốt lõi.

3. Hệ quả về Quản trị và Quan hệ lao động

Đây là nội dung thường bị doanh nghiệp xem nhẹ trong thực tiễn nhưng lại tiềm ẩn rủi ro đáng kể đối với uy tín và hình ảnh doanh nghiệp.

- Tranh chấp với người lao động: Nếu doanh nghiệp tính sai, nhân viên có thể bị truy thu thuế nặng khi họ tự quyết toán sau này. Người lao động có thể phát sinh khiếu nại, tranh chấp hoặc yêu cầu bồi thường thiệt hại trên cơ sở lỗi nghiệp vụ của doanh nghiệp. Ngược lại, nếu doanh nghiệp khấu trừ vượt nghĩa vụ thực tế, người lao động có quyền yêu cầu hoàn trả, làm gia tăng nghĩa vụ xử lý và áp lực tuân thủ đối với bộ phận nhân sự - kế toán.

- Mất uy tín và thương hiệu: Sai sót trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế không chỉ dừng lại ở khía cạnh vi phạm tuân thủ, mà còn phản ánh những bất cập trong hệ thống kiểm soát nội bộ. Điều này có thể ảnh hưởng trực tiếp đến mức độ tín nhiệm của người lao động đối với tính minh bạch, chuyên nghiệp trong hoạt động quản trị của doanh nghiệp.

III. Cẩm nang nghiệp vụ: Quy định và Giải pháp thực thi

1. Xác định bản chất thu nhập và mức khấu trừ

Rủi ro lớn nhất không nằm ở việc tính sai thuế, mà nằm ở việc doanh nghiệp không kiểm soát được thu nhập đa nguồn của người lao động. Để thiết lập nghĩa vụ thuế đúng, doanh nghiệp cần phân loại dựa trên Thông tư 111/2013/TT-BTC:

- Đối với HĐLĐ từ 3 tháng trở lên: Khấu trừ theo biểu thuế lũy tiến từng phần (Điểm b, Khoản 1, Điều 25).

- Đối với thu nhập vãng lai (không HĐLĐ hoặc HĐLĐ dưới 3 tháng): Nếu thu nhập từ 2 triệu đồng/lần trở lên, phải khấu trừ 10% tại nguồn (Điểm i, Khoản 1, Điều 25).

Việc nhầm lẫn giữa hai loại này là nguyên nhân phổ biến nhất dẫn đến rủi ro truy thu.

2. Điều kiện nhận ủy quyền quyết toán thay

Doanh nghiệp chỉ được quyết toán thay khi nhân viên đáp ứng đủ các điều kiện tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP:

- Có HĐLĐ từ 3 tháng trở lên và đang làm việc tại doanh nghiệp vào thời điểm quyết toán.

- Trường hợp có thu nhập vãng lai nơi khác: Thu nhập bình quân tháng không quá 10 triệu đồng và đã được khấu trừ 10% tại nguồn.

- Nếu không thỏa mãn, cá nhân phải tự đi quyết toán. Doanh nghiệp thực hiện quyết toán sai điều kiện sẽ phải chịu trách nhiệm pháp lý liên đới.

3. Trách nhiệm khi nhân viên tự quyết toán

Nguyên nhân cốt lõi của các rủi ro trên thường xuất phát từ việc doanh nghiệp không có cơ chế kiểm soát đầy đủ đối với thu nhập đa nguồn của người lao động, cũng như thiếu quy trình rà soát điều kiện ủy quyền quyết toán.

Dù cá nhân tự chịu trách nhiệm với cơ quan thuế nhưng doanh nghiệp vẫn là "mắt xích" trọng yếu khi:

- Phải cấp chứng từ khấu trừ thuế chính xác cho nhân viên để họ làm căn cứ tổng hợp thu nhập.

- Đảm bảo số liệu khấu trừ tại doanh nghiệp khớp với dữ liệu đã nộp vào ngân sách.

4. Hướng dẫn về nơi nộp hồ sơ quyết toán

Khi nhân viên tự quyết toán, doanh nghiệp cần hướng dẫn họ xác định đúng cơ quan thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC:

- Không áp dụng tiêu chí "nơi có thu nhập lớn nhất" (vốn không có căn cứ pháp lý rõ ràng).

- Hồ sơ nộp tại cơ quan thuế quản lý tổ chức chi trả (nếu chỉ 1 nguồn) hoặc tại nơi cư trú (nếu nhiều nguồn và không đủ điều kiện ủy quyền).

Kết luận: Thuế TNCN của nhân viên làm nhiều nơi không chỉ là nghĩa vụ tuân thủ mà còn là công cụ quản trị rủi ro quan trọng, góp phần bảo đảm sự ổn định và tính minh bạch trong hoạt động của doanh nghiệp. Nếu không được kiểm soát đúng, thuế TNCN trong bối cảnh người lao động có thu nhập từ nhiều nguồn có thể trở thành điểm khởi phát cho rủi ro thanh tra diện rộng và tranh chấp lao động - những yếu tố ảnh hưởng trực tiếp đến sự ổn định vận hành của doanh nghiệp. Việc chủ động rà soát, nắm vững các văn bản như Nghị định 126/2020/NĐ-CP và Thông tư 111/2013/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro truy thu và bảo vệ uy tín trong quản trị nhân sự.